京都市下京区寺町通四条下る貞安前之町、四条通から寺町通を南へ40mほど下った東側、東に高島屋、西に藤井大丸などの高層建築に挟まれた高島屋の寺町側の入り口横にひっそりと建つ小さな神社。
戦国時代の1579年(天正7年)、九州での兵乱を避けるため、筑紫国大宰府(だざいふ)(現在の福岡県太宰府市)から一人の老神官が菅原道真の像を背負って入洛し、六条通周辺に祀ったのがはじまりとされています。
そして1587年(天正15年)、烏丸二条に「大雲院」が創建された際、その鎮守社として迎えられ、更に1597年(慶長2年)、天下人・豊臣秀吉の命により大雲院とともに現在地の四条寺町に移転しました。
その後、明治初期の「神仏分離令」によって火除天満宮と大雲院とが分離され、更に大雲院が1973年(昭和48年)に円山公園にほど近い京都市東山区祇園町南側に移転すると、その跡地は京都高島屋駐車場の一部となった一方、天満宮はそのまま同地に残って現在に至っています。
幕末の1864年(元治元年)に起きた「蛤御門の変(はまぐりごもんのへん)」では、この一帯だけが奇跡的に類焼を免れたといい、幕末以降もしばしば火難から救われたという伝承があることから、「学問成就」とともに「火除の神」として多くの信仰を集めており、社名も正式名称は「天満宮」ですが「火除天満宮」と通称され親しまれています。
また「洛陽天満宮天満宮二十五社」の第9番にも数えられ、境内にはそれを示す石碑も建立されています。