京都市上京区堀川寺之内にある臨済宗単立の尼門跡寺院で、山号は西山(せいざん)、本尊は聖観世音菩薩。
「人形の寺」「百々御所(どどのごしょ)」などの通称でも知られています。
南北朝時代の応安年間(1368-75)、景愛寺(けいあいじ)第6世であった北朝第4代・光厳天皇(こうごんてんのう)の皇女・華林宮惠厳(かりんのみやえごん)が、御所に祀られていた聖観世音菩薩像を景愛寺の支院であった建福尼寺に奉納・安置したのがはじまり。
観音像は伊勢の二見ヶ浦で魚網にかかったもので、膝の上に小さな「宝鏡」を持っており、これが光り輝いたことに驚いた人々によって、朝廷へと献上されたと伝えられるもので、父・後光厳天皇よりこの観音像の由緒にちなんだ「宝鏡寺」の名前を賜り、寺名を改めて開山されました。
景愛寺は鎌倉後期の弘安年間(1278-87)に禅尼・無外如大(むがいにょだい)が開山した寺院で、 足利将軍家の庇護によって南北朝時代以降は「禅宗尼寺五山」の第一位に置かれるなど、寺門は大いに栄えていましたが、「応仁の乱」の兵火や足利氏の衰退によりやがて消失することとなります。
しかし惠厳禅尼が入寺して以後は宝鏡寺の住持が景愛寺を兼摂することとなったため、景愛寺の法灯は宝鏡寺が受け継いでいくこととなりました。
そして江戸初期の1644年(寛永21年)に後水尾天皇の皇女である第20世・仙寺院宮 久厳理昌(せんじゅいんのみや くごんりしょう)が入寺すると、以降宝鏡寺は紫衣を勅許されるなど再び皇室との縁が深まり、以後は歴代皇女が住持を勤める門跡寺院となり、1764年(明和元年)には「百々御所(どどのごしょ)」という御所号を賜っています。
伽藍については江戸後期の1788年(天明8年)の「天明の大火」での類焼の後、 1798年(寛政10年)より再建された書院をはじめ、本堂・大門・阿弥陀堂・玄関・使者の間の6棟が京都市指定有形文化財に指定されています。
また天皇の皇女である内親王が代々入寺され、折に触れて御所から人形が贈られてきたことから、寺には孝明天皇遺愛の人形をはじめ、皇族ゆかりの由緒ある人形が数多く所蔵されており、以前はこれらの人形を内々で公開していたといいますが、内外からの要望により 1957年(昭和32年)の秋より「人形展」という形で毎年春と秋に一般公開するようになり現在に至っています。
更に1959年(昭和34年)の秋には、人形製作に携わる人々及び有志などにより、壊れたり汚れたりして捨てられてしまう人形を弔い供養し、その霊を慰めるための人形塚が境内に建立され、この塚の前で毎年秋の10月14日に「人形供養祭(及び関係物故者供養祭)」が関係者により営まれるとともに、全国各地より毎日のように持ち寄られる数多くの人形やぬいぐるみを供養する「人形供養」も行われるようになり、いつの頃からか「人形の寺」の別名で呼ばれるようになりました。
普段は非公開の寺院ですが、春と秋に「人形展」が開催された際に、本堂や狩野探幽の襖絵などが公開されます。